Svarbiausi faktai
~1717 m. Prienų seniūnas Morkus Antanas Butleris netoli Pašešupio (Marijampolės vietoje buvęs kaimas) pastatė medinę koplyčią.
1758 m. Prienų seniūnė grafienė Pranciška Ščiukaitė-Butlerienė, rūpindamasi savo pavaldinių sielovada, atsikvietė Švč. Mergelės Marijos Nekaltojo Prasidėjimo kunigų marijonų vienuoliją, pastatė Šv. Kryžiaus titulo medinę bažnyčią ir šalia jos – medinį vienuolyną.
1783 m. rugsėjo 17 d. Vilniaus vyskupo Ignaco Jokūbo Masalskio raštu įkurta Marijampolės parapija.
1809 m. rugsėjo mėnesį sudegė bažnyčia. Laikinai pamaldos laikytos pašiūrėje. Naujos bažnyčios statyba rūpinosi marijonas Mykolas Pietaris (1763–1850).
1824 m. rugsėjo 5 d. naujai pastatytą bažnyčią pašventino Seinų pavyskupis Augustinas Polikarpas Marcejevskis. Bažnyčiai suteiktas Marijonų vienuolijos globėjo Šv. arkangelo Mykolo titulas.
1863 m. bažnyčia pailginta, 1882 m. pristatytas frontonas, iki 1914 m. pristatytos dvi koplyčios.
1918 m. Jurgis Matulaitis Marijampolėje atkūrė Švč. Mergelės Marijos Nekaltojo Prasidėjimo kunigų marijonų vienuolijos centrą ir įsteigė Švč. Mergelės Marijos Nekaltojo Prasidėjimo vargdienių seserų vienuoliją.
1920 m. įsteigta marijonų gimnazija.
1927 m. įrengta marijonų spaustuvė, įkurta biblioteka.
1934 m. į Šv. arkangelo Mykolo bažnyčios Švč. Jėzaus Širdies koplyčią (dabar – Palaimintojo Jurgio Matulaičio) iš Kauno katedros perkelti 1927 m. mirusio arkivyskupo Jurgio Matulaičio palaikai.
1944–1949 m. Šv. arkangelo Mykolo bažnyčia buvo Vilkaviškio vyskupijos prokatedra, nes po Antrojo pasaulinio karo sovietai sugriovė Vilkaviškio katedrą.
1987 m. birželio 28 d. popiežius Jonas Paulius II paskelbė palaimintuoju arkivyskupą Jurgį Matulaitį.
1987 m. palaimintojo arkivyskupo Jurgio Matulaičio palaikai perlaidoti į Valdo Vildžiūno sukurtą sarkofagą, įtaisytą buvusioje Švč. Jėzaus Širdies koplyčioje įrengtame Palaimintojo altoriuje.
1989–1998 m. Šv. arkangelo Mykolo bažnyčia buvo prokatedra. 1992 m., atsižvelgiant į šios bažnyčios istorinę svarbą, jai suteiktas mažosios bazilikos titulas.
