Istorija
Marijampolė įsikūrusi Sūduvos krašto centre, prie Šešupės kranto, 164 km į vakarus nuo Vilniaus, 55 km į pietvakarius nuo Kauno. Vieta, kur dabar yra Marijampolė, XVI a. buvo Birštono girios vidurys. Pirmasis prie Šešupės antrojoje XVI a. pusėje įkurtas kaimas pavadintas upės vardu – Pašešupys, vėliau jis gavo Starapolės ir galiausiai Marijampolės vardą. Marijampole nuo XX a. pirmosios pusės ir vidurio vadinamas visas miestas, ne tik bažnyčios ir vienuolyno teritorija. Marijampolė tapo vieninteliu Lietuvoje miestu, įreikšminusiu vienuolijos, o per ją ir pačios Švč. Mergelės vardą.
XVIII a. Prienų seniūnas Morkus Antanas Butleris netoli Pašešupio pasistatė Kvietiškio dvarą. 1717 m. ten pastatyta ir medinė koplyčia. Pasak padavimo, kunigas pranciškonas pamaldų laikyti kelis kartus per metus atvykdavęs iš Kauno Nemunu ir paskui Šešupe arba iš Prienų bažnyčios. Kunigas prie koplyčios nuolatos ėmė gyventi nuo 1732 m., nes tais metais pradėta vesti Krikšto metrikų knyga.
Medinę Šv. Kryžiaus bažnyčią ir šalia jos medinį vienuolyną 1758 m. pastatė Prienų seniūnė, grafienė Pranciška Ščiukaitė-Butlerienė. Pasakojama, kad ta ponia rinkti vietos bažnyčiai iš Kvietiškio dvaro ėjusi, kalbėdama rožančių. Kur ji kalbėjusi „Tėve mūsų“, buvusi pasodinta liepa. Toje vietoje, kur baigusi rožančių, ji pasakiusi, jog čia stovėsianti bažnyčia. Kelias, kuriuo ji ėjo, pramintas Rožančkeliu. Rūpintis bažnyčia ir vienuolynu ji patikėjo kunigams marijonams. Grafienės Butlerienės statyta medinė bažnyčia 1809 m. per gaisrą sudegė. Tą patį rudenį buvo pastatyta laikina medinė stoginė, kurioje pamaldos vyko iki 1818 m., kol ją sugriovė vėtra.
Tais pačiais metais, vadovaujant marijonui kun. Mykolui Pietariui (1763–1850), pradėta statyti nauja mūrinė bažnyčia. Prie bažnyčios statymo finansiškai prisidėjo marijonų vienuolynas, pinigus aukojo parapijos žmonės, kiti įvairūs rėmėjai. 1824 m. rugsėjo 5 d. Seinų pavyskupis Augustinas Polikarpas Marcejevskis pašventino bažnyčią marijonų globėjo šv. Mykolo vardu, į didįjį bažnyčios altorių įdėjo šventųjų relikvijų. Kitą dieną ganytojas suteikė Sutvirtinimo sakramentą 2589 žmonėms.
Nors bažnyčia statyta didelė, ji netrukus tapo per ankšta, todėl buvo vis didinama, kol tapo viena didžiausių ir svarbiausių Vilkaviškio vyskupijoje. 1830 m. pristatyta presbiterija su dviem zakristijomis, paskui pailginta vidurinė nava. 1878 m. suremontuotas stogas ir vidus. Iki 1882 m. atsirado medinė dalis su bokštais, šoninė koplyčia. Pastatytas koridorius, jungiantis bažnyčią su vienuolynu. Bažnyčia tapo simetriška. 1923 m. pastatyti du bokštai.
1934 m. bažnyčios Švč. Jėzaus Širdies koplyčioje palaidoti arkivyskupo J. Matulaičio palaikai, ant kapo įrengta epitafija (skulptorius Juozas Zikaras). 1939 m. padidintos zakristijos, transepto ir presbiterijos kampe pastatytas žemas prieangis.
Po Antrojo pasaulinio karo vienuolynas buvo uždarytas (1949 m.), pastatai ir turtas konfiskuoti, nugriautas koridorius, jungęs vienuolyną su bažnyčia. Sovietams sugriovus Vilkaviškio katedrą, 1944–1949 m. Šv. arkangelo Mykolo bažnyčia buvo prokatedra. 1987 m., Jonui Pauliui II arkivyskupą Jurgį Matulaitį paskelbus palaimintuoju, bažnyčioje, buvusioje Švč. Jėzaus Širdies (dabar Pal. arkivyskupo J. Matulaičio) koplyčioje, įrengtas Palaimintojo arkivyskupo Jurgio Matulaičio altorius, jo palaikai perkelti į skulptoriaus Vlado Vildžiūno sukurtą sarkofagą. 1989–1998 m. bažnyčia buvo Vilkaviškio vyskupijos prokatedra, 1992 m. jai suteiktas mažosios bazilikos titulas.